Boson mourut en 887, laissant un fils en bas âge, Louis l'Aveugle, qui fut dépouillé d'une partie de ses états (888) par son oncle Rodolphe l^er, comte d'Auxerre et fils d'un prince allemand, Conrad. Le royaume de Bourgogne se trouva alors divisé en Bourgone cisjurane, qui resta à Louis, et en Bourgogne transjurane. Mais un des successeurs de Louis l'Aveugle, Hugues, petit-fils de Lothaire, aspirant à la couronne impériale, céda ses états à Rodolphe II, roi de la Transjurane, et les deux Bourgognes se trouvèrent réunies (933), sous le nom de royaume d'Arles.

A la mort de Rodolphe III (1032), Conrad le Salique, roi de Germanie, hérita du royaume de Bourgogne, qu'il annexa à l'empire germanique. Toutefois, un grand nombre de fiefs, notamment le comté palatin de Bourgogne ou Franche-Comté, se rendirent indépendants sous des comtes particuliers.

Othon-Guillaume fut le premier comte héréditaire de Franche-Comté (995). Un de ses successeurs, Rainaud II, fut en guerre avec l'empereur d'Allemagne Henri III, qui voulait le forcer à reconnaître sa suzeraineté, mais qui mourut pendant la lutte. Béatrix, fille de Rainaud, qui succéda à son père (1144), épousa l'empereur Frédéric Barberousse. L'ancienne Séquanaise, devenue ainsi une propriété de l'Empire d'Allemagne, demeura cependant exempte de toute tailIe et imposition ; elle ne fut soumise qu'au service militaire et à quelques redevances honorifiques : d'où le nom de Franche-Comté. Toutefois, cette dénomination ne se trouve pour la première fois employée dans un acte historique qu'en 1366 ; jusqu'alors la province continua d'être désignée sous le nom de terre d'Empire, comté ou terre de Bourgogne en Empire.

Le second fils de Frédéric, Othon I^er, hérita de la Franche-Comté en 1185. Sa fille, Beatrix II, épousa Othon, duc de Méranie, état de l'Empire d'Allemagne. Cette alliance déplut aux seigneurs franc-comtois, qui commencèrent une guerre civile de plusieurs années ; la lutte se termina par le mariage d'Alix, fille d'Othon et de Béatrix, avec Hugues de Châlon, fils de Jean de Châlon, le plus puissant seigneur du pays, qui n'a laissé en Franche-Comté, où il affranchit les montagnards de ses domaines, que des souvenirs d'humanité.

Jeanne I^re, fille d'Hugues de Châlon, épousa le roi de France Philippe le Long auquel elle survécut. Le mariage de sa fille Jeanne Il avec Eudes IV, duc de Bourgogne, amena la réunion du comté et du duché de Bourgogne, séparés depuis cinq siècles (1318).

Le règne d'Eudes IV, depuis son mariage jusqu'à sa mort (1348), ne fut qu'une longue guerre civile dite des Gageries. A la mort de son petit-fils, Philippe de Rouvres (1361), Jean, roi de France, s'appuyant du droit féodal, incorpora le duché de Bourgogne à la France, taudis que le comté retourna à la comtesse de Flandre, Marguerite de France, aïeule de la jeune duchesse Marguerite, veuve de Philippe de Rouvres, qui se remaria au comte de Flandre. Leur petite-fille épousa Philippe le Hardi, duc de Bourgogne, de sorte que le duché et le comté se trouvèrent de nouveau réunis (1360).

On sait le rôle considérable que joua Philippe pendant la folie du roi de France Charles VI, et la querelle des Armagnacs et des Bourguignons qui eut pour origine l'assassinat du duc d'Orléans par Jean sans Peur, tué à soit tour d'un coup de hache sur le pont de Montereau (1419). Mais la Franche-Comté n'eut pas à souffrir de ces discordes civiles, et les ducs de Bourgigne se firent un devoir de lui conserver intacts ses anciens privilèges. Après la mort de Charles le Téméraire à la bataille de Nancy (1477), sa fille Marie recueillit la couronne ducale. Le roi de France, Louis XI, sous prétexte de tutelle de la jeune princesse, qui était en Flandre, mit la main sur la Bourgogne et envoya des garnisons à Dole, Salins et dans les autres villes du comté. Mais Marie ayant épousé Maximilien d'Autriche, celui-ci réclama, les armes à la main, l'héritage dû à sa femme. Les villes franc-comtoises, en chassant leurs garnisons françaises, s'attirèrent de terribles représailles.

Dole, il y a quelques siècles

A Dole, quand Charles d'Amboise, lieutenant du roi de France, se fut introduit par ruse dans la ville, les habitants se tirent massacrer dans leurs maisons en ruines plutôt que de se rendre. Quelques-uns même, réfugiés dans une cave, méritèrent, par leur héroïsme, l'admiration et le respect du vainqueur. « Qu'on les laisse pour graine » dit Charles d'Amboise en parlant de ces intrépides combattants. Et ils échappèrent en effet à la mort. Mais, dans cette circonstance, trois édifices seulement restèrent debout. Salins, Arbois, Poligny furent pris, saccagés et mis à rançon ; beaucoup de villages et de châteaux furent brûlés et les habitants massacrés.

La guerre paraissait devoir être éternelle, lorsque la mort accidentelle de Marie (1482) amena le traité d'Arras, qui laissa le duché aux mains du roi de France, avec cette condition que le dauphin épouserait la jeune fille de Marie, qui apporterait en dot notamment le comté de Bourgogne, lequel retournerait à Philippe, frère de la fiancée, si le mariage ne se concluait pas. Le dauphin, devenu le roi Charles VIlI, aima mieux épouser la duchesse Anne de Bretagne. Maximilien reprit alors de vive force une partie des provinces revenant à son fils, et le traité de Senlis (1493) lui en confirma la possession.

Maximilien en confia l'administration à sa fille Marguerite, qui n'a laissé dans le pays que le souvenir de ses nombreux bienfaits. En 1530, son neveu Charles-Quint, empereur d'Allemagne et roi d'Espagne, recueillit sa succession. Sous son successeur Philippe Il, le pays fut envahi par Henri IV, qui fit aux Franc-Comtois une guerre d'extermination fâcheuse pour sa mémoire. La victoire de Fontaine-Française (1595), ou il culbuta les troupes de l'espagnol Velasco, lui avait ouvert la Franche-Comté. Lons-le-Saunier, Château-Châlon, etc., furent incendiés; et Arbois dut peut-être d'être épargnée à l'héroïque résistance que lui opposa le capitaine Morel. Toutefois, les clauses de la capitulation ne furent pas scrupuleusement observées, et le maréchal de Biron fit pendre le courageux Arboisien. La paix de Vervins (1598) assura aux Franc-Comtois quelques années de tranquillité.

En 1635, le cardinal de Richelieu ayant déclaré la guerre à l'Espagne, une armée de 20 000 hommes, sous les ordres du prince de Condé, entra en Franche-Comté, et y fut bientôt secondée par le duc de Saxe-Weimar, à la tête de ses féroces Suédois. Presque toutes les villes, à l'exception des quatre places fortes de la province, Besançon, Salins, Gray et Dole, furent prises, incendiées et pillées, malgré l'héroïsme de Lacuzon et de Jean Varroz, les défenseurs légendaires de l'indépendance franc-comtoise. Les populations furent en peu de temps ruinées par les contributions de guerre, et, pour comble de malheur, décimées par la famine et par la peste qui enleva aussi le duc de Saxe-Weimar. Ruinée et dépeuplée, la province obtint enfin un traité de neutralité (1642). La paix des Pyrénées, conclue plus tard (1659) mit fin aux hostilités entre la France et l'Espagne.

Mais la paix ne fut pas de longue durée. Après la mort de Philippe IV, dont il avait épousé la fille, Louis XIV revendiqua la possession de la Franche-Comté, malgré la renonciation formelle qu'il avait faite lors de son mariage. En 1668, 20 000 hommes envahirent de nouveau le pays, dont la conquête se fit en trois semaines, grâce aux trahisons achetées par Louvois dans la bourgeoisie et aux brillantes promesses de Louis XIV aux nobles franc-comtois. Le traité d'Aix-la-Chapelle rendit la province à l'Espagne mais elle fut de nouveau envahie par les Français en 1671 et conquise en deux mois. Le traité de Nimègue (1678) sanctionna la réunion définitive de la Franche-Comté à la France. Le Parlement et l'Université de Dole furent transférés à Besançon, le premier en 1676, la seconde en 1691.

La Révolution de 1789 fut accueillie dans le Jura avec enthousiasme. En 1814, les volontaires du pays organisèrent une résistance sérieuse contre les Alliés. En 1815, le maréchal Ney, chargé par Louis XVIII de s'opposer à la marche de Napoléon revenant de l'île d'Elbe, s'arrêta à Lons-le-Saunier et y fit à ses soldats une proclamation célèbre que la seconde Restauration ne sut pas lui pardonner.

En novembre et en décembre 1870, les Allemands qui occupaient la Haute-Saône et la Côte-d'Or firent quelques apparitions dans le nord du Jura. Un détachement vint même, le 13 novembre, jusqu'à l'entrée de Dole, où il fut reçu par quelques coups de fusil qui lui firent prendre la fuite.

Le département fut envahi le 21 janvier 1871. Les Allemands arrivèrent devant Dole vers midi et demi : deux à trois cents gardes nationaux, mal armés, et quelques soldats de passage, eurent la patriotique témérité de leur disputer l'entrée de la ville, dont ils ne furent maîtres qu'après un combat acharné de trois à quatre heures, auquel prirent part 5000 à 6000 Prussiens. Ce combat retarda d'au moins 24 heures l'armée ennemie qui avançait à marches forcées pour couper la ligne de retraite de notre armée de l'Est.

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