Le département du Jura se divise en trois régions naturelles distinctes : la région des montagnes, celle des collines ou vignobIes, et celle des plaines.

La montagne est formée par sept chaînons calcaires dont la constitution géologique appartient à une classe particulière de terrains désignés sous le nom de terrains jurassiques. Ces chaînons sont, en allant de l'est à l'ouest, le Risoux, le Mont-Noir, les Hautes-Joux, le Maclus, la Fraisse et Leutte. Ils s'étendent parallèlement, du nord-est au sud-ouest, en s'abaissant de l'est à l'ouest, de sorte que le Jura ressemble à un escalier colossal dont les degrés seraient des monts escarpés portant des plateaux, et qui monterait, des plaines de la Saône, du Doubs, de la Loue et de la Bresse, jusqu'à la longue et haute crête (le point culminant dépasse 1700 mètres d'altitude) séparant la France de la Suisse.

Près des limites ou sur les limites communes à ces deux pays s'élèvent les cimes les plus hautes du département : la Serra, ou Crêt-Pela, atteint 1496 mètres ; le Noirmont, au-dessus et à l'est du lac des Rousses, a 1550 mètres : c'est le point culminant du département. Ce point est trois fois moins que le Mont-Blanc (4810 mètres), la plus haute montagne de la France et même de l'Europe. Le sommet le plus élevé du Risoux, le Crêt-à-la-Dame, qui se dresse à l'ouest du lac des Rousses, a 1386 mètres. A l'ouest de cette arête principale, peu de sommets dépassent 950 mètres.

Ce n'est que vues de haut ou de loin, ou sur une carte à petite échelle, que les montagnes du Jura se présentent sous la forme régulière de chaînons parallèles ; parcourues en détail elles sont un chaos de chaîons, de pics, d'arêtes, de roches calcaires déchiquetées, de plateaux froids, tourbeux et marécageux, de cluses ou gorges étroites et profondes, de vallées remplies de belles grottes et dont de jolis lacs occupent le fond.

Ces vallées sont tour à tour charmantes et grandioses : leurs prairies sont ravissantes ; du pied de rochers à pic jaillissent des sources vives ; çà et là tombent de grandes et de petites cascades, et des gorges silencieuses et sauvages s'ouvrent à chaque pas sur les rives des torrents. La vallée de l'Ain, célèbre par la belle source de sa rivière, par ses magnifiques fontaines qui font aussitôt mouvoir des usines, par les gorges de la Perte de l'Ain et la cascade du Saut de la Saisse, est une des plus pittoresques de France. D'autres, comme celle de la Saine, où l'on admire le sombre défilé de la Langouette ; celles de la Lemme, du Hérisson et du Drouvenant, remarquables par leurs cascades et leurs fontaines ; celle de la Bienne, avec ses gorges resserrées et profondes, avec sa vallée et sa source de Vaucluse ; celles du Tacon, torrent rapide où se précipitent de nombreuses cascatelles, du Longviry, etc., sont aussi fort belles.

Les hauts plateaux sont remplis d'abîmes où se perdent les eaux qui vont former les belles fontaines des vallées. Quand ils ne sont pas recouverts de forêts, comme au sud et à l'est d'Arbois et de Poligny, ils sont tristes et monotones, comme le Grandvaux et le Val de Mièges. Le Grandvaux, où s'élève le bourg de Saint-Laurent, se trouve compris entre deux hautes montagnes parallèles, se dirigeant du nord au sud et appelées, l'une la Joux-Devant et l'autre la Joux-Derrière. Jadis couvert de forêts aujourd'hui détruites, il est hérissé de petits monticules à pentes stériles, au pied desquels s'étendent des pâturages parsemés de rochers, de taillis et bouquets de bois, de maisons et de hameaux. Le climat en est très froid et surtout très variable. Le Val de Mièges est un plateau ondulé, vaste de plus de 30 000 hectares, compris entre les montagnes de la Fresse, à l'ouest, et celle de la Haute-Joux, à I'est. Son altitude varie de 740 à 860 mètres. Une éminence, plus saillante que les autres, le coupe, du sud-ouest au nord-est, en deux parties inégales, dont l'une, celle du nord, a retenu plus spécialement le nom de Val de Mièges, tandis que l'autre s'appelle plutôt Val de Sirod.

La chaîne la plus basse du Jura, la dernière à l'ouest, n'a que 450 à 600 mètres d'altitude (le mont Poupet, qui domine Salins, a par exception 853 mètres), mais elle est fort pittoresque, à cause des brusques escarpements par lesquels elle domine la Bresse, et quatre des principales villes du pays : Lons-le-Saunier, Poligny, Arbois et Salins. On y admire de splendides cirques d'érosion, creusés par d'abondants cours d'eau dans un calcaire facile à entamer.

Roches de Baume, d'après une photographie de M. Cloze

Les plus beaux de ces cirques sont : celui de Lons-le-Saunier, Conliège et Revigny, arrosé par la Vallière ; celui de Voiteur, Nevy et Baume, où coule la Seille ; celui de Poligny, où naît la Glantine ; celui d'Arbois, où commence la Cuisance ; celui de Salins, parcouru par la Furieuse.

La région des collines, riche en vignobles, sépare, à l'ouest, le pied de la dernière chaîne du Jura de la plaine de la Bresse ; au nord, diverses chaînes de coteaux viennent expirer sur la rive gauche de la Loue, rivière qui arrose, à son entrée dans le département, la belle et riante vallée du Val-d'Amour, puis serpente, avant d'aller rejoindre le Doubs, dans une large et féconde plaine. Le massif de collines (220 à 271 mètres d'altitude) qui sépare le Doubs de la Loue est tout entier recouvert par la forêt de Chaux. Au nord de la vallée du Doubs, s'étendent, jusqu'à la fraîche vallée de l'Ognon, les collines des cantons de Rochefort, Montmirey et Gendrey (200 à 380 mètres d'altitude) ; on y remarque, sur la ligne de faîte entre les deux rivières, la forêt de la Serre.

La plaine comprend la Bresse, région d'une altitude moyenne de 200 mètres qui, probablement, fut jadis un lac immense. La Bresse s'étend du pied des escarpements du Jura et des collines du Vignoble, ou bon pays, aux rives de la Saône; mais elle n'occupe dans le Jura, de Saint-Amour aux collines du canton de Dole, qu'une bande de terre d'abord peu large, puis s'étend, au nord, sur presque toute la largeur du département du Jura, assez étroit, du reste, dans ces parages. C'est une région humide et remplie d'étangs que l'on s'est efforcé de dessécher au XIX^e siècle, assez fertile, surtout au nord, dans les cantons de Chemin, de Chaussin et de Montbarrey, où elle a reçu le nom de Finage.