En 1542, la guerre renouvelée entre Charles Quint et François Ier força les habitants de Saint-Michel et des villages alentour à abandonner le pays. L’abbaye et le bourg furent alors pillés et incendiés à tel point qu’il ne resta plus qu’une seule maison. Puis, dès 1587, tout le diocèse prit le parti de la Ligue contre les calvinistes et les guerres civiles firent encore un peu plus de tort à la contrée. Grâce à Jean-Baptiste de Mornat, l’abbaye put enfin renaître de ses cendres à partir de 1598.
Exceptés quelques bois, elle était alors réduite à très peu, à cause des subventions, de l’injure des guerres et de la mauvaise gestion des abbés commendataires qui, comme Robert de Coucy, avaient dissipé les fonds et aliéné les plus beaux biens. Faisant de Saint-Michel sa résidence, le nouvel abbé racheta les baux emphytéotiques et fit de nouvelles acquisitions. Il remit le monastère à neuf, réparant le cloître, les lieux réguliers et l’église. Il posa la première pierre du château dit plus tard de Sailly et fit édifier une église paroissiale sous l’invocation de saint Martin pour que les moines ne soient plus distraits par l’affluence du peuple.
La misère de la population demeurait cependant intacte, lui faisant subir les plus terribles épidémies et vivre dans la crainte constante du pillage des demeures construites sans goût, dans la mesure où elles allaient probablement être détruites au bout de quelques mois...
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