Au milieu des bois inhabités, à l’emplacement du château du Deschaux, s’élevait au XIIIe siècle un bâtiment servant de lieu de rendez-vous de chasse pour la maison de Chissey. L’édifice comprenait une tour appelée la tour de Lioutre qui servit à dénommer, plus tard, un très important quartier du Deschaux. Á proximité de cette tour, s’installèrent comme colons quelques familles, pour la plupart venues de Bourgogne. En 1389, Le Déchaux fut formé, par un accord intervenu entre Antoine de Nozeroy, seigneur de Villers-Robert et Jean de Chissey, regroupant Les Noues, Les Granges et Le Carrouge. Les Chissey en devinrent alors les seigneurs.
Le village se peupla lentement jusqu’à ce que son nouveau maître, Philippe de Vaulchier d’Arlay, secrétaire de l’empereur et greffier en chef de son parlement, à partir de 1536, fasse venir soixante familles. Il confia à chacune d’elles une part de bois qu’elle devait défricher et mettre en valeur, en échange de certains droits de pâturage et de l’exonération de quelques redevances. Ces familles, logées dans des baraques qu’elles construisaient elles-mêmes, figurent parmi les plus anciennes du village et ont laissé leur nom à de nombreux lieux-dits. Enclavés au milieu du royaume de France, la Comté et Le Deschaux en particulier, subirent les conséquences des guerres et de la famine qui ravagèrent la France, au point que la population diminua de moitié dans les années 1661 et 1662.
À l’époque de la première conquête de la Franche-Comté, les Français assiégèrent le château du Deschaux, qui se défendit héroïquement. Une madone d’où s’échappait une petite source d’eau belle et limpide fut malencontreusement réduite en morceaux...
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