Au seizième siècle, les doctrines de la Réforme se répandirent de bonne heure dans le Berry. Les professeurs de l'Université de Bourges spéculaient sur les nouveaux dogmes, et Calvin émit à l'Université ses idées critiques des vieilles institutions. Il fit de nombreux prosélytes, même parmi le clergé ; mais il fut bientôt obligé de quitter Bourges pour se retirer à Genève, où le suivirent plusieurs Berrichons. A la première prise d'armes des Réformés, Bourges fut pris par le comte de Montgommery, qui saccagea les églises et les couvents (mai 1562). Les Calvinistes, se répandant ensuite dans les campagnes, poursuivirent et traquèrent de toutes parts prêtres et religieux. Mais les catholiques, ayant repris Bourges, ne tardèrent pas à user de représailles. Tout l'effort de la lutte se porta bientôt sur la ville de Sancerre, la plus forte du Berry.

Les Sancerrois avaient embrassé le Calvinisme vers 1540 ; après la conjuration d'Amboise, de nombreux huguenots se réfugièrent dans leur ville, qui devint bientôt, avec Nîmes, Montauban et la Rochelle, un des principaux boulevards de la réforme en France. Respectée durant la première guerre civile (1563), Sancerre subit, en 1568, un siège, ou plutôt une tentative de siège, car les troupes envoyées contre la ville, effrayées par une sortie de la garnison, prirent la fuite avant d'avoir atteint le pied de la colline.

L'année suivante, le comte Sciarra Martinengo, noble vénitien, François d'Entragues, gouverneur d'Orléans, et La Châtre, gouverneur de Berry, s'entendirent pour réduire la ville rebelle, que l'on appelait déjà, non sans raison « la Petite-Rochelle ». Sans canons, armés seulement de frondes, qu'on nomma les arquebuses de Sancerre, et aussi d'arquebuses véritables, les assiégeants tinrent avec vigueur pendant cinq semaines, jusqu'à ce que le baron des Adrets, alors catholique, eut jugé l'entreprise difficile et conseillé à La Châtre de se retirer. Ce nouveau succès porta au comble l'exaltation des Sancerrois, qui crurent pouvoir impunément piller et ruiner les environs. Ils furent pourtant, dans une de leurs excursions, battus par les bourgeois de la Charité et de Nevers. Ayant tenté de surprendre de nuit la Grosse-Tour de Bourges, à la faveur de quelques intelligences qu'ils croyaient s'être ménagées dans cette place, ils furent trompés, et beaucoup des leurs périrent dans cette audacieuse entreprise.

Après les massacres de la Saint-Barthélemy, Sancerre, qui en avait souffert bien moins que Bourges, dont les principaux professeurs se réfugièrent en Suisse, refusa de recevoir une garnison royale. Honorat de Brueil, beau-frère du comte, noua des intelligences dans le château, et envoya son frère, le sieur de Racan, le surprendre, dans la nuit du 9 novembre 1572.

Grâce aux efforts des conjurés, le château fut occupé par Racan ; mais les habitants, tenus en éveil, avaient pris des dispositions qui leur permirent de recouvrer leur forteresse, après une vigoureuse attaque de dix-sept heures (10 novembre). Pour parer aux conséquences de leurs révoltes, qui tôt ou tard devaient leur attirer un siège décisif, les Sancerrois auraient approvisionné leur ville ; mais, confiants dans leurs premiers succès, ils se livrèrent plus que jamais à des actes d'hostilité.

Palais de Jacques Coeur à Bourges au XIXe siècle

Du 3 août au 13 janvier 1573, la place fut peu à peu investie par des corps de troupes que commandait La Châtre, et qui se fortifièrent dans les villages ou les hameaux environnants. Les habitants, sous les ordres de l'avocat Jouhanneau, leur maire, et du ministre Jean de Léri, repoussèrent si vivement les premières attaques et l'assaut général donné le 19 mars que le siège fut changé en blocus. La famine se fit bientôt sentir et devint effroyable ; on fit sortir les bouches inutiles, on mangea les rats, les taupes et jusqu'aux vieux cuirs. Une petite fille, morte de faim, servit au repas de ses parents ; mais le conseil de la ville, instruit de cette scène horrible, fit brûler le père et étrangler la mère. Beaucoup d'habitants cherchèrent à se sauver. Enfin, ne recevant pas un secours promis par les Nîmois, et ne se voyant pas comprise dans le traité conclu avec les Rochelois le 24 juin, Sancerre se décida à capituler. La Châtre y entra, le 31 août, et, les jours suivants, il fit démolir les remparts de la ville par les paysans des environs. Sancerre avait tenu près de huit mois, sans artillerie.

Le département du Cher fut pendant la Ligue le théâtre de nouvelles agitations et de nouveaux combats. Bourges, Dun-le-Roi, Vierzon, Mehun, tenaient pour la Ligue, tandis que Sancerre et les principaux seigneurs du pays soutenaient le roi (1589). Pendant cinq ans, le pays fut continuellement ravagé ; il ne respira que lorsque Henri IV eut abjuré à Saint-Denis, entre les mains de Regnaud de Beaune, archevêque de Bourges (1594).

Le Berry se releva de ses ruines, et Sully, qui avait acheté les terres de Montrond, de Montfaucon et, en 1605, de Boisbelle, porta à ce pays un intérêt tout particulier, et améliora le bien-être des paysans. Ce grand ministre fit construire sur la terre allodiale de Boisbelle une ville qu'il appela Henrichemont. Cette ville présente l'aspect d'un quadrilatère régulier, dont chaque côté a un développement d'environ 500 mètres, avec une place carrée au centre.

Mais de nouveaux troubles jetèrent encore l'inquiétude dans le pays. Ce fut d'abord, en 1616, l'arrestation du prince de Condé, gouverneur du Berry, puis le siège et la prise de la Grosse-Tour de Bourges par son successeur, le maréchal de la Grange-Montigny. Cette ville, qui avait embrassé le parti du prince, dut se soumettre au roi, ainsi que les autres places fortes du Berry. Le grand Condé, qui avait succédé à son père dans le gouvernement du Berry, ayant été emprisonné pendant la Fronde, la province fut occupée par les troupes royales. Mais le pays se divisa : les uns tinrent pour le roi, les autres pour le prince. La guerre dura deux ans.

Richelieu, qui, pour détruire les restes de la féodalité, faisait démanteler dans la France entière les anciens châteaux forts, fit démolir la Grosse-Tour de Bourges ; l'énorme château de Montrond, qui avait été le boulevard de Condé, celui de Baugy et d'autres places, qui avaient été occupés par les partisans du prince, furent mis dans l'impossibilité de soutenir un siège. Sous Louis XIV, deux émeutes provoquées par des taxes sur le blé (1654) et sur le vin (1664), furent facilement réprimées. La révocation de l'édit de Nantes (1685) amena la destruction des temples protestants de Sancerre et d'Asnières (près de Bourges), et l'émigration d'ouvriers industrieux. Les guerres continuelles de la fin du règne de Louis XIV achevèrent d'appauvrir le pays.

Le dix-huitième siècle n'offre pas d'événements bien marquants pour l'histoire locale. La dauphine Marie-Josèphe de Saxe mit au monde en 1754 un fils qui fut plus tard Louis XVI et qui reçut en naissant le titre de duc de Berry. C'est sous ce prince que le duché de Berry et la seigneurie d'Henrichemont, alors récemment acquise de M. de Béthune, furent donnés en apanage au comte d'Artois, frère du roi (1776). Louis XVI, qui avait conservé pour le Berry des sentiments affectueux, choisit, en 1778, cette province pour faire l'essai d'un nouveau mode d'administration provinciale.

Palais de Jacques Coeur à Bourges au XIXe siècle

Ce prince voulait remédier aux charges trop onéreuses des populations, en confiant directement à une assemblée composée de membres des trois ordres, dans chaque province, la répartition des impôts, la direction des travaux publics, etc. L'assemblée de Bourges décida l'exécution du canal du Berry, l'achèvement des anciennes routes, l'étude de la construction de nouvelles voies de communication, et demanda la réforme des impôts (1786). Mais les événements se précipitèrent, et la Révolution ne laissa pas à cette assemblée le temps d'achever son oeuvre. La crise des subsistances, qui se faisait sentir dans toute la France, amena le pillage des blés à Vierzon. Sous la Révolution, le représentant du peuple La Planche établit la Terreur à Bourges, pilla les églises et se fit reconnaître dictateur dans les départements du Cher et du Loiret. En 1796, les Vendéens, qui cherchaient à étendre leur action au centre de la France, profitant du mécontentement que la levée en masse avait causé dans les populations, se jetèrent dans le Sancerrois et, conduits par Phélippeaux, s'emparèrent de la ville même de Sancerre. Mais bientôt le général qui commandait à Bourges fit marcher des troupes sur cette ville qui se rendit à la première sommation.

Après les Cent-Jours, l'armée se retira derrière la Loire, selon les conventions faites avec les Alliés. Elle occupa Bourges et tout le plat pays, qui fut lourdement chargé de réquisitions. Le dernier prince qui porta le titre de duc de Berry fut le second fils de Charles X, assassiné par Louvel en 1820. Dans les premières années du règne de Louis-Philippe, des troubles eurent lieu à Maubranches, à Sancoins, à Aubigny, à Lignières et à Châteaumeillant, à l'occasion des droits sur les vins et de la cherté des blés. En 1839, Bourges fut choisi pour servir de lieu de captivité à don Carlos et à sa suite. Ce prince y demeura jusqu'en 1845, époque à laquelle il partit pour l'Italie. Dès 1861, Bourges fut doté de vastes établissements militaires, qui firent de cette ville le centre de la défense nationale.

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