Fils de Thierry II, Sigebert II n’avait que 12 ans lorsqu’il monta sur le trône de Bourgogne. Ainsi, Brunehaut exerça encore une fois la régence. Installée depuis 599 à Autun, elle s’était appuyée sur deux maires du Palais très compétents pour faire appliquer ses directives : Protadius, haï par la population et qui fut assassiné en 605, et Claudius.

Soutenue par Thierry II, Brunehaut avait entrepris une politique de rénovation des routes, une réforme fiscale en vue d’assurer des revenus réguliers, une réforme cadastrale, ainsi qu’une réforme militaire. Cette politique offrit à Brunehaut une puissance certaine sur la Neustrie. Mais son tempérament autoritaire et sa volonté d’imposer le pouvoir royal mérovingien affaibli par cette guerre civile aux grands leudes, l’amena à chercher l’appui de la population.

Elle n’hésita pas à faire exécuter de grands aristocrates comme les ducs Rauching, Ursion et Bertfred en 587 ou l’évêque de Vienne, Didier, en 607. Consciente que la règle du partage égalitaire du royaume ne pouvait qu’amoindrir l’autorité de la dynastie royale et émietter sa puissance territoriale, Brunehaut chercha à rompre avec la tradition franque et à imposer le droit d’aînesse dans les règles de successions royales.

Pourtant, sa volonté de contrôler les leudes attisait leurs hostilités. Le maire du Palais Warnachaire, soutenu par Pépin de Landen et Arnoul, finit par s’allier à Clotaire II, roi de Neustrie. Lorsque ce dernier lança une attaque contre l’Austrasie, Brunehaut fut trahie par Warnachaire, ainsi qu’une armée austrasienne dirigée par les aristocrates refusant de livrer bataille.

Clotaire II défit ainsi facilement Brunehaut en 613 et la fit prisonnière à Orbes près du Jura. L’accusant de multiples régicides, il la fit torturer durant trois jours avant de la supplicier en l’attachant derrière un cheval lancé au galop. Puis il exécuta le jeune roi Sigebert II et Corbon, le frère de celui-ci.