Roi d’Austrasie, il commença son règne en 595, après la mort de son père Childebert II, fils de Brunehaut. Il fut élevé, ainsi que Thierry, son frère, par cette reine leur aïeule, à laquelle avait été confiée la régence générale de leurs Etats. On affirme, sans preuve tangible, que Brunehaut ayant voulu éloigner les seigneurs d’Austrasie du conseil royal, ils se réunirent et l’expulsèrent du royaume en menaçant de la tuer si elle osait y reparaître.

Selon certains auteurs, Brunehaut aurait rendu Théodebert responsable de cette violence, et poussé la vengeance jusqu’à persuader Thierry, son autre petit fils, près duquel elle s’était retirée, que Théodebert n’était qu’un enfant supposé. Cette princesse, qui ne devait avoir qu’un seul intérêt, celui de réunir ses petits-fils contre Clotaire II, fils de Frédégonde, l’ennemie mortelle de sa famille, aurait ainsi élevé bien haut la fortune de ce prince, en excitant la guerre entre Thierry et Théodebert.

Théodebert fut vaincu deux fois par son frère ; et ses enfants furent massacrés par ordre du vainqueur. Lui-même fut livré à Brunehaut, qui le dépouilla des ornements royaux et le fit mourir en 612. Ce prince avait épousé une esclave nommée Bilichide, qu’il poignarda ensuite afin d’épouser Théodechilde. Il eut de ces deux femmes quatre fils, dont l’aîné Sigebert, qui paraît avoir échappé seul au massacre ordonné par son oncle Thierry, est regardé comme la tige de la maison de Habsbourg.

Les historiens l’ont présenté comme un prince brutal, sans talents et sans vertus ; mais écrivant sous Clotaire II, qui était devenu seul maître du royaume, ils pouvaient avoir intérêt à juger sévèrement les derniers rois de la branche d’Austrasie. La réponse attribuée à Théodebert II, lorsque l’évêque Didier vint lui rapporter, au nom des habitants de Verdun, une somme considérable, que ce prince leur avait prêtée dans un moment difficile, fait mieux juger de lui : « Nous sommes trop heureux, dit-il au prélat en refusant de prendre l’argent qu’on lui offrait, vous, de m’avoir procuré l’occasion de faire du bien, et moi de ne l’avoir pas laissé échapper. »